Sequence vs primersa:
27f and 63f1387r and 1392r
AGAGTTTGATCMTGGCTCb      CAGGCCTAACACATGCAA-GTCc  CRTGTGTGGCGGGCAd
CGGAACATGTGWGGCGGGe
GAGAGTTTGATCCTGGCTCAGAATGAACGCTGGCGGCAGGCCTAACACATGCAA-GTCGCCTTGTACACACCGCCCGT
AAGAGTTTGATCCTGGCTCAGATTnAACGCTGGCGGCATGCCTTACACATGCAA-GTCGTCTTGTACACACCGCCCGT
GAGAGTTTGATCCTGGCTCAGAGTGAACGCTGGTGGCGTGCCTAATACATGCAA-GTCGTCTTGTACTCACCGCCCGT
GAGAGTTTGATCCTGGCTCAGAGTGAACGCTGGCGGCGTGCCTAATACATGCAA-GTCGTCTTGTACTCACNGCCCGT
GAGAGTTTGATCCTGGCTCAGAGTGAACGCTGGCGGCGTGCCTAATACATGCAA-GTCGTCTTGTACTCACCGCCCGT
GAGAGTTTGATCCTGGCTCAGAGTGAACGCTGGCGGCGTGCCTAATACATGCAA-GTCGTCTTGTACTCACCGCCCGT
GAGAGTTTGATCCTGGCTCAGAATGAACGCTGGCGGCGTGCTTAACACATGCAA-GTCGNNTTGTACACACCGCCNGT
GAGAGTNTGATTCTGGCTCAGATTGAACGCTGGCGGCGTGCTTAACACATGCAA-GTCGCCTTGTACACACCGCCCGT
GAGAGTTTGATCCTGGCTCAGAACGAACGCTGGCGGCGTGCCTAACACATGCAA-GTCGCCTTGTACACACCGCCCGT
AAGAGTTTGATCATGGCTCAGATTGAACGCTGGCGGCAGGCTTAACACATGCAA-GTCGCCTTGTACACACCGCCCGT
AAGAGTTTGATCATGGCTCAGATTGAACGCTGGCGGCAGGCCTAACACATGCAA-GTCCCTTGTACACACCGCCCGTC
-AGAGTTTGATYMTGGCTCAGGACGAACGCTGGCGGTATGCTTAACACATGCAA-GTCGTCTTGTACACACCGCCCGT
GAGAGTTTGATCCTGGCTCAGGATGAACGCTGGCGGCGTGCCTAATACATGCAA-GTCGCCTTGTACACACCGCCCGT
GAGAGTTTGATCCTGGCTCAGGACGAACGCTGGCGGCGTGCCTAAGACATGCAA-GTCGTCTTGTACACACCGCCCGT
GAGAGTTTGATCCTGGCTCAGGACGAACGCTGGCGGCGTGCCTAATACATGCAA-GTCGCCTTGTACACACCGCNCGT
GAGAGTTNGATCCTGGCTCAGGACGAACGCTGGCGGCGTGCCTAATACATGCAA-GTCGCCTTGTACACACCGCCCGT
GAGAGTTTGATCCTGGCTCAGGACGAACGCTGGCGGCGTGCCTAATACATGCAA-GTAGCNTNGTACACACCGCCCGT
GAGAGTTTGATCCTGGCTCAGGACGAACGCTGGCGGCGTGCCTAATNCNTGCAA-GTNGCCTTGTACACACCGCCCGT
GAGAGTTTGATCCTGGCTCAGGATGAACGCTGGCGGCGTGCTTAACACATGCAA-GTCGTCTTGTACACACCGCCCGT
GAGAGTTCGATCCTGGCTCAGGATGAACGCTGGCGGCGCGCCTAACACATGCAA-GTCGCNTTGTACACACCGCCCGT
-AGAGTTTGATNNTGGCTCAGGATGAACGCTGGCGGCGTGCCTAACACATGCAA-GTCGCCTTGTACACACCGCCCGT
GAGAGTTTGATCCTGGCTCAGGACGAACGCTGGCGGTATGCTTAACACATGCAA-GTCGTCTTGTACACACCGCCCGT
GAGAGTTTGATCCTGGCTCAGGATGAACGCTGGCGGCGTGCTTAACACATGCAA-GTCGTCTTGTACACACCGCNCGT
GAGAGTTTGATCCTGGCTCAGGATGAACGCTGGCGGTATGCTTAACACATGCAA-GTCGCCTTGTACACACCGCCCGT
TAGAGTTTGATCCTGGCTCAGGATNAACGCTAGCTACAGGCTTAACACATGCAA-GTCGCCTTGTACACACCGCCCGT
GAGAGTTTGATCCTGGCTCAGGATNAACGCTAGCTATAGGCTTAACACATGCAA-GTCGCCTTGTACACACCGCCCGT
GAGAGTTTGATCCTGGCTCAGGATNAACGCTGGCTACAGGCTTAACACATGCAA-GTCGCCTTGTACACACCGCCCGT
GAGAGTTTGATCCTGGCTCAGGATNAACGCTAGCTACAGGCTTAACACATGCAA-GTCGCCTTGTACACACCGCCCGT
GAGAGTTNNATCCTGGCTCAGGACGAANGCTNGCGGCGTGCTTAACACATGCAA-GTCGGCTTGTACACACCGCCCGT
GAGAGTTTGATCCTGGCTCAGGACGAACGCTGGCGGCGTGCTTAACACATGCAA-GTCGTCTTGTACACACCGCCCGT
GAGAATTTGATCTTGGTTCAGATTGAACGCTGGCGGCGTGGATGAGGCATGCAA-GTCGCCTTGTACACACCGCCCGT
???????????????????????STARCGTTGGCGGCGCGTCTTAAACATGCAA-GTCACCTTGTACACACCGCCCGT
???????????????????????STARCGCTGGCGGCGCGTCTTAAACATTCCAAGTCACCTTGTACACACCGCCCGT
???????????????????????STARCGCTGGCGGCGCGTCTTAAACATGCA-ACTCACCTTGTACACACCGCCCGT
GAGAGTTTGATCCTGGCTCAGAACGAACGCTGGCGGCGCGTCTTAAGCATGCAA-GTCGCCTTGTACACACCGCCCGT
GAGAGTTTGATCCTGGCTCAGAACGAACGCTGGCGGCGCGTCTTAAGCATGCAA-GTCGCCTTGTACACACCGCCCGT
  • TABLE 3