Table 1.

Lactobacillus strains

StrainSourceaIdentification by:GenBank accession no. for sequence
DGGESpecies-specific primers16S V2-V3 sequence
L. acidophilus ATCC 4356T ATCCNAb L. acidophilus NANA
L. agilis DSM 20509T DSMNAb NANANA
L. brevis ATCC 14869T ATCCNAb NANANA
L. casei ATCC 334ATCCNAb L. casei NANA
L. casei/L. zeae ATCC 393T ATCCNAb L. zeae NANA
L. casei ATCC 4684ATCCNAb L. casei NANA
L. crispatus ATCC 33820T ATCCNAb L. crispatus NANA
L. delbrueckii subsp.bulgaricus ATCC 11842T ATCCNAb NANANA
L. fermentum ATCC 14869T ATCCNAb L. fermentum NANA
L. gasseri ATCC 33323T ATCCNAb L. gasseri NANA
L. helveticus ATCC 15009T ATCCNAb NANANA
L. johnsonii ATCC 33200T ATCCNAb L. johnsonii NANA
L. paracasei subsp.paracasei ATCC 25302ATCCNAb L. casei NANA
L. plantarum ATCC 1988ATCCNAb L. plantarum NANA
L. plantarum ATCC 14917T ATCCNAb L. plantarum NANA
L. rhamnosus ATCC 8530ATCCNAb L. rhamnosus NANA
L. rhamnosus DSM 20021T DSMNAb L. rhamnosus NANA
L. reuteri DSM 20016T DSMNAb L. reuteri NANA
L. ruminis ATCC 27780T ATCCNAb NANANA
L. salivarius subsp. salicinius ATCC 11742T ATCCNAb NANANA
L. salivarius subsp. salivarius ATCC 11741T ATCCNAb NANANA
L. sharpeae DSM 20505T DSMNAb L. sharpeae NANA
L. vitulinus ATCC 27783T ATCCNAb NANANA
L. zeae
 DSM 20178T DSMNAb L. zeae NANA
 GTP5Pig L. acidophilus/L. crispatus/L. helveticus L. crispatus L. crispatus AF157035
 GT3C1Pig L. acidophilus/L. crispatus/L. helveticus L. crispatus L. crispatus AF158588
 L8Human L. acidophilus/L. crispatus/L. helveticus L. acidophilus L. acidophilus AF158988
 L35Human L. acidophilus/L. crispatus/L. helveticus L. acidophilus L. acidophilus AF159014
 L43Human L. acidophilus/L. crispatus/L. helveticus L. acidophilus L. acidophilus AF159021
 L10Human L. plantarum L. plantarum L. plantarumgroup AF158990
 L12Human L. plantarum L. plantarum L. plantarumgroup AF158992
 L13Human L. plantarum L. plantarum L. plantarumgroup AF158993
 L33Human L. plantarum L. plantarum L. plantarumgroup AF159012
 L45Human L. plantarum L. plantarum L. plantarumgroup AF159023
 L44Human L. gasseri/L. johnsonii L. gasseri L. gasseri AF159022
 GTH5Human L. gasseri/L. johnsonii L. gasseri L. gasseri AF157044
L. johnsonii
 NCK800Culture collection of T. K. Klaenhammer L. gasseri/L. johnsonii L. johnsonii NANA
 GTH10Human L. fermentum L. fermentum L. fermentum AF158581
 GT3S3Pig L. reuteri L. reuteri L. reuteri AF158590
 GTH18Human L. brevis/L. sharpeae L. brevis (because primer pair 11 negative and aerogenic) L. brevis AF157038
 L4Human L. reuteri L. reuteri L. reuteri AF158983
 L38Human L. fermentum L. fermentum L. fermentum AF159016
 L3Human L. casei group L. casei L. casei group AF158982
 L6Human L. casei group L. casei L. casei group AF158986
 L9Human L. casei group L. casei L. casei group AF158989
 L14Human L. casei group L. casei L. casei group AF158994
 L19Human L. casei group L. casei L. casei group AF158998
 L20Human L. casei group L. casei L. casei group AF158999
 L22Human L. casei group L. rhamnosus L. casei group AF159001
 L25Human L. casei group L. casei L. casei group AF159004
 L27Human L. casei group L. rhamnosus L. casei group AF159006
 L28Human L. casei group L. rhamnosus L. casei group AF159007
 L29Human L. casei group L. rhamnosus L. casei group AF159008
 L30Human L. casei group L. casei L. casei group AF159009
 L32Human L. casei group L. rhamnosus L. casei group AF159011
 L37Human L. casei group L. rhamnosus L. casei group AF159015
 L39Human L. casei group L. casei L. casei group AF159017
 L41Human L. casei group L. rhamnosus L. casei group AF159019
 L42Human L. casei group L. casei L. casei group AF159020
L. rhamnosus
 DR20Culture collection, NZDRI L. casei group L. rhamnosus NANA
 GTH1Human L. salivarius NA L. salivarius subsp.salivarius AF158557
 L5Human L. ruminis NA L. ruminis AF158984
  • a ATCC, American Type Culture Collection; DSM, Deutsche Sammlung von Mikroorganismen und Zellkulturen; NZDRI, New Zealand Dairy Research Institute.

  • b NA, not applicable (these were reference strains).