Table 1

Bacterial strains used in this study

GenusStrain(s)
Bacteroides B. caccae YIT 10226T, B. distasonis YIT 6162T, B. eggerthii YIT 10227T, B. fragilis YIT 6158T, B. ovatus YIT 6161T, B. thetaiotaomicron YIT 6163T, B. uniformis YIT 6164T, B. vulgatus YIT 6159T
Bifidobacterium
    B. bifidumB. bifidum YIT 4013 (ATCC 15696), YIT 4039T, YIT 4042 (ATCC 11863), YIT 4069, YIT 4070, YIT 10987, YIT 10988, YIT 10990, YIT 10991, YIT 10992, YIT 10993, YIT 10994, YIT 10995, YIT 10996, YIT 10997, YIT 10998, YIT 10999, YIT 11000, YIT 11001, YIT 11002, YIT 11003, YIT 11004, YIT 11005, YIT 11007, YIT 1100, YIT 11009, YIT 11010, YIT 11011, YIT 11012, YIT 10347 (BF-1)
    Not B. bifidumB. adolescentis YIT 4011T, B. angulatum YIT 4012T, B. animalis subsp. animalis YIT 4044T, B. animalis subsp. lactis YIT 4121T, B. asteroides YIT 4033T, B. boum YIT 4091T, B. breve YIT 4014T, B. breve YIT 12272, B. catenulatum YIT 4016T, B. choerinum YIT 4067T, B. coryneforme YIT 4092T, B. cuniculi YIT 4093T, B. dentium YIT 4017T, B. gallicum YIT 4085T, B. gallinarum YIT 4094T, B. indicum YIT 4083T, B. longum subsp. infantis YIT 4018T, B. longum subsp. longum YIT 4021T, B. longum subsp. suis YIT 4082T, B. magnum YIT 4098T, B. merycicum YIT 4095T, B. minimum YIT 4097T, B. pseudocatenulatum YIT 4072T, B. pseudolongum subsp. globosum YIT 4101T, B. pseudolongum subsp. pseudolongum YIT 4102T, B. pullorum YIT 4104T, B. ruminantium YIT 4105T, B. saeculare YIT 4111T, B. subtile YIT 4116T, B. thermophilum YIT 4073T
Blautia B. producta YIT 6141T
Clostridium C. acetobutylicum YIT 10170T, C. bifermentans YIT 10228T, C. butyricum YIT 10073T, C. celatum YIT 6056T, C. coccoides YIT 6035T, C. perfringens YIT 6050T
Collinsella C. aerofaciens YIT 10235T
Enterococcus E. faecalis YIT 2031T, E. faecium YIT 2032T
Escherichia E. coli YIT 6044T
Eubacterium E. biforme YIT 6076T, E. rectale YIT 6082T
Lactobacillus L. acidophilus YIT 0070T, L. amylophilus YIT 0255T, L. amylovorus YIT 0211T, L. bifermentans YIT 0260T, L. brevis YIT 0076T, L. buchneri YIT 0077T, L. casei YIT 0078T, L. coryniformis YIT 0237T, L. crispatus YIT 0212T, L. delbrueckii subsp. bulgaricus YIT 0181T, L. delbrueckii subsp. delbrueckii YIT 0080T, L. delbrueckii subsp. lactis YIT 0086T, L. fermentum YIT 0081T, L. gallinarum YIT 0218T, L. gasseri YIT 0192T, L. helveticus YIT 0083T, L. johnsonii YIT 0219T, L. malefermentans YIT 0271T, L. oris YIT 0277T, L. parabuchneri YIT 0272T, L. paracasei YIT 0209T L. paraplantarum YIT 0445T, L. pentosus YIT 0238T, L. plantarum YIT 0102T, L. pontis YIT 0273T, L. reuteri YIT 0197T, L. rhamnosus YIT 0105T, L. sakei YIT 0247T, L. salivarius subsp. salicinius YIT 0089T, L. salivarius subsp. salivarius YIT 0104T, L. sharpeae YIT 0274T, L. vaginalis YIT 0276T
Lactococcus L. garviae YIT 2071T, L. lactis subsp. cremoris YIT 2007T, L. lactis subsp. hordiniae YIT 2060T, L. lactis subsp. lactis YIT 2008T, L. plantarum YIT 2061T, L. raffinolactis YIT 2062T
Parascardovia P. denticolens YIT 4114T
Propionibacterium P. acnes YIT 6165T
Ruminococcus R. bromii YIT 6078T, R. lactaris YIT 6084T
Scardovia S. inopinata YIT 4115T
Streptococcus S. thermophilus YIT 2001, S. thermophilus YIT 2021, S. thermophilus YIT 2037T